c. Reptilia

Studi tentang reptilia di pulau Seram masih jarang. Penelitian yang dilakukan pada Ekspedisi Operation Raleigh di kawasan Taman Nasional Manusela menemukan 46 jenis reptilia, terdiri dari kura-kura air tawar (1 jenis), penyu laut (4 jenis), buaya (1 jenis), kadal (24 jenis) dan ular (17 jenis) (Edgar dan Lilley, 1993).

Tingkat endemisme reptil di pulau Seram termasuk rendah, hanya satu jenis kadal endemik Seram, yaitu Dibamus seramensis. Terdapat pula Soa-soa (Hydrosaurus amboinensis), Dua jenis ular Calamaria ceramensis dan Thyphlops kraai walaupun sedikit ditemukan juga di pulau-pulau sekitarnya. Buaya (Crocodylus porousus) sering dijumpai di sungai Wae Toluarang dan Wae Mual.

d. Amphibia

Dalam kawasan Taman Nasional Manusela terdapat 8 jenis amphibia yang tergolong dalam famili Ranidae, Hylidae dan Microhylidae. Jenis-jenis yang termasuk dalam famili :

Ranidae adalah Platymantis papuensis, Rana modesta dan Rana grisea ceramensis
Hylidae adalah Litoria vagabunda, Litoria sp. (Bicolor group), Litoria amboinesis, Litoria infrafenate
Microhylidae adalah Phrynomantis fusca