Tipe vegetasi hutan hujan dataran rendah terdiri dari jenis-jenis mengarawan (Hopea sp.), lenggua (Pterocarpus inducus), matoa (Pometia pinnata), kenari (Canarium indicum), nyatoh (Palaquium spp.), ketapang hutan (Terminalia copelandii), bintangur hutan (Calophyllum soulattri). Selain itu terdapat juga jenis yang menutupi sebagian besar dataran mual dan lembah Wae Mual yaitu meranti (Shorea selanica), balau (Hopea sp.), kayu raja (Koompassia malacensis), jenitri (Elaeocarpus sp.), nyamplung (Calophyllum inophyllum), merbau (Intsia bijuga) dan pulai (Alstonia spectabilis).
Sedangkan pada tebing-tebing sungai utama di daratan Mual dan Wae Kawa, penutupan tajuk dan tumbuhan bawahnya sangat rapat dan didominir oleh jenis paku-pakuan, rumput-rumputan dan berbagai jenis anggrek, seperti Paphiopedilum sp., jenis-jenis Bulbophyllum sp., Coelogyne sp., Dendrobium sp., Phalaenopsis sp., dan jenis yang tumbuh di tanah yaitu jenis Phalus sp.
Jenis-jenis pohon yang terdapat di sini adalah benuang (Octomeles sumatrana), samama (Eucalyptus deglupta), kasai/matoa (Pometia pinnata), cemara laut (Casuariana equisetifolia), Ficus sp, medang (Litsea sp), jambu-jambuan (Eugenia sp.), laban (Vitex cofassus) dan pulai (Alstonia spectabilis).
Vegetasi hutan hujan pengunungan rendah, terdiri dari jenis-jenis keluarga Fagaceae (Castanopsis buruana dan Lithocarpus celebicus), langsat hutan (Aglaia argentea), kayu cina (Podocarpus neriifolia dan P. blumei), damar (Agathis loranthifolia) dan jenis konifer lainnya (Dacrydium elatum). Di seluruh tepi pegunungan Markele dan Kobipoto diantara ketinggian 500-1500 m dpl, terdapat damar (Agathis alba, A. Philippinensis), eboni (Diospyros rumphii), cemara gunung (Casuarina montana), nyamplung (Calophyllum inophyllum), lenggua (Pterocarpus indicus), lahusu (Garcinia dulcis) dan kayu cina (Podocarpus blumei). Di beberapa tempat secara sporadis, terdapat rumpun-rumpun bambu dan rotan berduri yang sangat lebat sehingga hampir tidak dapat menerobosnya.
Vegetasi hutan hujan pegunungan tinggi, umumnya didominasi oleh jenis konifer terutama damar (Agathis loranthifolia) dan keluarga Myrtaceae yaitu Tristoniopsis whiteana. Sedangkan di atas ketinggian 1.500 m dpl yang dikenal juga sebagai vegetasi sub alpin atau vegetasi lumut ini ditandai dengan pohon-pohon kecil, berbagai bentuk yang tertutup oleh lumut dan epifit, anggrek dan paku-pakuan tumbuh di atas tanah sebagai epifit.
